转载：张军毅等 湖泊科学 4天前
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基于分子标记的藻类鉴定研究进展
张军毅1, 孙蓓丽2,3, 朱冰川1, 石浚哲1, 周克茹3, 吕学研4, 葛芹玉2, 张 咏4, 陆祖宏2, 张虎军1
1：江苏省无锡环境监测中心, 无锡 214121
2：东南大学无锡分校, 无锡市生物芯片重点实验室, 无锡 214135
3：江苏宏众百德生物科技有限公司, 无锡 214028
4：江苏省环境监测中心, 南京 210019
引 用：张军毅, 孙蓓丽, 朱冰川等. 基于分子标记的藻类鉴定研究进展. 湖泊科学, 2021, 33(6): 1607-1625. DOI: 10.18307/2021.0601
摘 要：藻类鉴定被广泛应用于藻类遗传学、生理学、生态学和应用藻类学，尤其是藻类调查和评估.然而，基于形态学的鉴定往往因为分类特征未出现或不典型、设备限制和人员经验欠缺等原因带来较大误差. 随着测序技术的不断发展，分子标记已成为藻类鉴定的一个通用工具.由于藻类类群众多且差异很大，分子标记的选择成为藻类鉴定的关键.本文综述了蓝藻、硅藻、绿藻、甲藻、裸藻、隐藻、金藻、黄藻、红藻和褐藻等主要门类分子标记的选择及应用进展，包括分子标记选择原则、常用标记和相应序列数据库，以及各个分子标记在不同类群应用中的优缺点等. 藻类分子鉴定源于编码核糖体RNA的基因（rDNA），发展于细胞核、线粒体、叶绿体DNA等.然而，当前藻类分子鉴定逐渐细化和完善，单一的核糖体DNA、内转录间隔区（ITS）和保守蛋白编码基因等短序列分子标记已经很难满足藻类鉴定的需求，多标记组合成为一种必然选择. 同时，线粒体基因组、叶绿体基因组、核基因组、转录组和宏基因组等提供了更多遗传进化信息，弥补了短序列分子标记在系统分类应用中的不足. 对于藻类鉴定，单纯依赖分子标记或形态学都不足以保证鉴定的准确性，采用将分子生物学、形态学、生理生化学等结合的多相学方法，才能准确地完成鉴定工作.此外，藻类分子数据库的建立和完善是未来分子鉴定的重要工作，快速鉴定方法也必将在未来获得广泛的应用和发展.
关键词: 藻类鉴定；分子标记；数据库；SSU；LSU；ITS；COI；rbcL
