引   用：杨海乐, 张辉, 杜浩.  eDNA监测方法标准化框架及未来图景. 湖泊科学, 2023, 35(1): 12-31. DOI: 10.18307/2023.0100

摘   要：eDNA (environmental DNA)是指从环境样品(水体、土壤、沉积物、空气、混合物等)中提取的DNA, 是各种生物的DNA混合物, 区别于传统从单物种样品中提取的DNA。eDNA监测是指从环境样品中提取DNA, 用物种特异性引物或特定DNA metabarcoding引物对其进行扩增测序、分类学分析、相对丰度分析、功能预测等, 以监测环境中是否存在某特定物种, 或者获得环境中物种组成、群落结构、生态功能等相关信息。eDNA监测主要应用在特定物种监测检出、生物多样性调查评估、群落结构和功能分析、生态系统过程分析评估等领域。eDNA监测可以应用在陆地、水体、空气、器物表面、生物(内)表面等任何有可能存在不确定DNA的场景。因为eDNA监测的非侵入性、灵敏检出、大类群检出、易标准化方法与结果、低人力物力时间成本、结果可核查等特点, 未来很有希望发展成为一种常规的物种监测、群落功能预测、生态过程分析的方法, 对象可涵盖所有生境条件下的所有生物类群。但要实现这个图景, 需要从普遍性和特殊性层面完成eDNA监测技术链条中10个关键环节的技术标准化: 样品重复数设计、采样时间设计、采样点设计、采样方法设计、样品前处理、样品保存、扩增引物选择、DNA提取-扩增-测序-分析程序、序列比对注释、监测结果后评估。目前来看, 10个环节的标准化基本不存在理论上的困难, 并且一部分支撑标准化的研究已经启动, 甚至一部分标准化的组织工作已在推进, 在未来数年内有望完成关键知识、关键数据的积累, 推动eDNA监测成为长期性周期性常规生态监测内容, 支撑渐行渐近的数据驱动型科学研究和生态管理。

关键词：环境DNA；生物信息；生物多样性监测；标准化