中心现设四个研究所：汉代历史文化研究所、汉代文学与民俗学研究所、汉代艺术研究所、南阳乡贤研究所；四个辅助机构：卧龙文化书院、南阳师范学院博物馆、信息文献室和南阳市汉画馆。

结构简图如下：