学校的审计工作始于一九八四年三月，当时在学校财务科设专职审计员，没有独立的机构，主要对学校财务收支及物资管理进行审计监督。一九八六年七月，南阳师专审计科成立，学校配备了专职审计人员，明确了职责和任务；一九八九年十月，学校党委把审计科明确为“副处级单位”，直属校长领导。2001年11月，学校组建监察审计处，2008年6月成立审计处。审计处是学校行使审计职能的专门机构，设综合科（财务审计科）、工程审计科两个科室。现有专职审计人员5人，办公室在中区办公楼3楼。