以维护南水北调中线水源区水质安全重大任务需求为牵引，以体制机制创新为动力，整合政、产、学、研、用创新要素，培育6个协同创新团队，协同开展影响水质安全与生态安全因素的基础理论研究、水质监测及水污染防控关键技术开发与产品研发，构建预警水质污染、生态安全大数据信息平台，阐述影响水质安全关键因素机制，进一步揭示水质污染预防控制机理，突破水质污染预防控制、生态安全关键技术瓶颈，建成水质污染防控、生态修复等综合应用示范基地，确保水源区水质安全。

围绕生态学核心学科，发展淡水生态学、环境化学生态学、环境微生物生态学、植物生理生态学、微生物生态学、地理生态学、产业生态学、农业生态学等交叉学科，打造省级水安全优势特色学科群，加速本领域的科技成果推广与转化，服务水源区生态经济建设，构建“产学研用”多元化复合创新型人才培养体系，将中心建设成为人才培养、学科建设和科学研究新高地，提升协同创新能力，发挥引领作用，为南水北调中线水源区水质安全提供人才与技术支撑，把“南水北调中线水源区水安全河南省协同创新中心”建设成为国内一流、特色鲜明、开放有序、运行高效的协同创新中心。