近年来，我校坚持以学科建设为龙头，高度重视学科建设，依据现有学科和学位授权点，科学制定学科发展规划，聚焦学科整合、方向凝练、人才队伍等方面，引导各学科强化内涵建设，挖掘学科优势，推动资源整合和共享，不断创新学科建设体制机制，大力提升学科实力和影响力，以学科的高质量建设持续推进学校事业的高质量发展。南水北调中线水源区生态安全重点实验室依托“生物学”和“化学”两个国家一流专业、“生物与医药”、“土木水利”、“农业”和“资源与环境”四个专业硕士学位点，以及“水质科学与技术”（关注饮用水安全）、“环境科学与工程”（关注水污染治理）、“农学”（关注绿色农业）、“生物科学”（关注生物多样性）“化学”和“应用化学”（关注环境材料）等六个本科专业，重点培养资源与环境领域、生态水利和绿色农业领域的专业技术人才，以及具备水资源管理能力、绿色农业生产能力、掌握生态环境一体化保护技能的复合型人才。每年培养相关本科生800余人，研究生200余人。在重点实验室的带动下，南阳师范学院于2020年获批“生态安全与水资源保护”河南省特色骨干学科群。特色骨干学科群围绕“南水北调中线工程”国家重大战略工程以及南阳作为区域中心城市以及核心水源区进行有关生态安全、水质保护、污染治理，生态农业、健康养殖需求而进行人才培养，科学研究、社会服务、协同创新开展工作，具有巨大的社会效益和经济效益。学科群整合的生物、化学、地理学都属于省内一流学科和一流专业，具有非常雄厚基础，新农科和水质科学与技术专业为了更好地服务地方经济和产业发展，并围绕学科核心成立的新学科和新专业。目前，我校工程学学科、化学学科和材料科学学科进入ESI全球前1%，环境科学与生态学学科接近全球前1%。全省入选ESI数据库高校共计17所，我校学科数量全省第8位。我校ESI排名在全国师范类大学中排名第32位，在师范学院类排名第2位。