优化以学科交叉融合为导向的资源配置方式，充分利用协同单位现有的创新资源，大力促进环境化学、生态学、生物工程、农学、区域经济学等学科间的交叉融合，注重创新团队的多学科背景，鼓励跨学科、跨领域和跨单位的紧密合作。在围绕重大问题的多学科、多单位协同攻关中促进重点学科的突破、优势学科的跨越、支撑学科的崛起和新兴学科的培育，构建特色鲜明、优势突出、结构合理、充满活力的学科体系，带动人才培养质量和科学研究水平同步提升，增强重点学科综合实力，形成协同创新长效机制。打造生物学、化学省级优势特色学科，获批生物学硕士点。

依托水利工程、环境科学与工程、生物化学与分子生物学、人文地理学、无机化学、环境工程等国家级和省级重点学科，按照河南省特色学科建设标准建设中线水源区水安全特色学科群，提升中线水源区水污染综合防控理论和技术创新及新产品设备研发能力。打造生态学核心重点学科，带动建设生物科学、生物工程、化学、农学、地理科学等重点学科，利用独特的资源优势条件，整合学科优势，培育国内有特色的植物生理生态学、微生物生态学、地理生态学、环境化学生态学、淡水生态学、产业生态学、农业生态学等交叉学科。