在研究生培养中，2012年开设水质安全与保护研究方向，2021年新增土木水利等硕士点，获批南水北调水源区流域生态安全等3个河南省高校研究生创新培养基地，已培养该领域的研究生199名，在校247名。毕业生主要从事环境保护、生态安全等相关工作，为国家重大工程后续高质量发展培养了本土化的高质量应用型创新人才。其中，学术带头人李玉英教授团队与瑞典梅拉伦达大学Erik Dahlquist院士团队合作已发表EI论文1篇，合作指导3名研究生在瑞典MDH见习3个月和毕业2名研究生；与美国波特兰州立大学Yangdong Pan教授研究团队合作已发表SCI论文3篇，合作指导毕业研究生3名、在读研究生2名，4名研究生毕业后进行博士学历深造。陈兆进特聘教授与美国加州大学河滨分校B. Larry Li院士团队在水源区水生态和环境领域协作发表6篇高质量的SCI论文，合作指导研究生2名、在读研究生4名。戚鹏程教授与美国东斯特劳斯堡大学胡世雄教授和B. Larry Li院士合作发表3篇SCI论文，指导研究生2名、在读研究生2名。张淼副教授与B. Larry Li院士等多位国外合作学者合作发表5篇SCI论文，指导研究生3名、在读研究生2名。在重点实验室骨干教师的指导下，获批5项国家级大学生创新创业训练计划项目；获得全国大学生互联网+创新创业大赛铜奖两项。获省级一流课程11门，省级精品在线开放课程2门；省级虚拟仿真实验项目5项；河南省本科教育线上教学优秀课程2门；省研究生教学改革项目2项；省级实验教学示范中心7个；省级虚拟仿真实验教学中心1个；省级质量工程培育项目12个。

通过省重点实验室培养，青年教师和研究生综合素养水平不断成长，其中姚伦广博士获得河南省特聘教授和中原英才-科技创新领军人才，李亭博士和李波博士获得中原英才-青年拔尖人才和南阳师范学院特聘教授，牛秋红博士为河南省杰出青年基金，韩辉博士获得河南省优秀青年科学基金资助；李丹丹和张淼等博士成长为省级创新人才，凡盼盼、吴冬雨、郑保海等10多名研究生到国内重点大学或研究所攻读博士学位进行深造，已有多名毕业研究生从事南水北调中线工程水安全保护工作。