2012年9月面向南水北调中线水源区生态环境保护及调水水质安全的重大需求，南阳师范学院作为牵头单位，联合河南省南水北调办公室、清华大学、北京大学、中国科学院水土保持研究所、南阳市人民政府等多家单位，组建了“南水北调中线水源区水安全协同创新中心”，并于2016年9月被正式认定为省级协同创新中心。2020年11月南水北调中线水源区水安全河南省协同创新中心（以下简称“中心”）通过省教育厅和省财政厅的期末绩效评估，成绩优秀，获得第二建设周期支持（2021-2024）。

中心发展历经了三个阶段，第一阶段始于2008年，科研人员自发进行科技协作与服务，为后续的产学研合作奠定了基础；第二阶段，2012年南阳师范学院成立了校级协同创新中心，标志着高校、科研院所和企业进入产学研合作阶段；第三阶段，自2016年省级协同创新中心成立，进入了多学科集成、多领域合作、多要素融合的协同创新阶段。

中心为“非法人”实体机构，以“管理委员会＋中心主任＋创新平台、基地＋创新团队”为组织管理体系，成立了由牵头单位和协同单位共同组成的管理委员会，负责中心重大事项的决策。管理委员会聘请有关专家成立了以桂建芳院士为主任的学术咨询委员会，为中心重大事项提供咨询服务。